Quand la Fédération des Sociétés Saint-Jean-Baptiste, ancêtre du MNQ, voit le jour en 1947, c'est d'abord pour veiller aux intérêts culturels et linguistiques du Québec. Au fil des ans et des transformations sociales, le Mouvement diversifie ses activités et participe activement aux débats sur les questions d'ordre politique et économique de la société.
D'une fédération d'abord axée sur la survivance d'une langue et d'une culture, on passe à un organisme cherchant à préserver et à développer l'autonomie du Québec.
Aujourd’hui, la mission du MNQ se résume ainsi :
En prenant part aux débats dans la société civile, en organisant des colloques et en publiant des études entre autre, le MNQ participe activement à la définition de l’identité nationale contemporaine.
Un Québec souverain, pluraliste et démocratique
En 1969, à la suite des États généraux sur le Canada français, le MNQ prenait officiellement position en faveur de la souveraineté du Québec. Il concluait que c'était là le seul moyen de faire en sorte qu'un peuple de culture française puisse survivre et se développer en Amérique. Ce faisant, il exerçait autant un devoir de mémoire qu'un geste pour la pérennité.
Le MNQ a à cœur de préserver l'identité québécoise et il invite tous les Québécois, quelle que soit leur origine, à se rallier à une mémoire nationale et à partager une volonté de perdurer à travers les siècles. Le MNQ continuera, sans relâche et par diverses initiatives, à promouvoir la souveraineté et à lutter pour la réalisation de cet objectif.
Le français, langue nationale du Québec
La défense et la promotion du français, langue nationale du Québec, sont deux autres éléments importants de l'action du MNQ.
La langue française est au cœur de l'identité québécoise; elle est le fil conducteur de sa continuité historique, son trait distinctif le plus visible par rapport aux sociétés avoisinantes. Elle confère à la société québécoise une personnalité qui lui est propre.
Sa promotion et son rayonnement concernent donc tous les Québécois, au-delà de leurs origines.
Depuis ses débuts, le MNQ se consacre à stimuler l'appartenance et l'attachement au Québec en organisant différentes manifestations de fierté.
Ces initiatives nationales de promotion de la fierté s'ajoutent à celles de ses 18 Sociétés nationales et Saint-Jean-Baptiste affiliées pour un français de qualité, la connaissance de notre histoire nationale et le développement régional.
Le Québec étant en constante évolution et en pleine mutation, le MNQ a profité de cette effervescence sociale pour revoir ses façons de faire. Après un an de travail acharné et de réflexions constructives, le document d’orientation « Chantier de la solidarité : Fondements et défis 2011-2013 » a été adopté lors de l'Assemblée générale extraordinaire du 4 décembre 2010. Comme son nom l’indique, ce document cerne les principaux défis à relever et définit les moyens d’actions pour y parvenir.
Certains objectifs et moyens sont à considérer pour atteindre pleinement la mission fondamentale du MNQ :

Depuis 1984, le Ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport mandate le MNQ pour la coordination des festivités entourant la Fête nationale du Québec. Ce mandat, des plus emballants, représente toutefois un défi de taille vu l’importance de la Fête nationale pour les Québécois et le désir d’offrir des festivités de qualité.
Par ailleurs, une étude menée par Léger Marketing en 2009 montre que les Québécois apprécient le travail fait par le MNQ concernant l’organisation de la Fête nationale. En effet, 90% des Québécois considère l’organisation et les célébrations entourant la Fête nationale comme une réussite. Malgré la diversité et la qualité des activités offertes, près d’un Québécois sur 2 souligne la Fête nationale par fierté uniquement. La Fête nationale est aussi un événement des plus rassembleur, près du trois quart des répondants affirme qu’il s’agit de la fête de tous les Québécois, sans exception. De plus, la Fête nationale représente l’événement extérieur favori d’un Québécois sur quatre. Cela dit, les Québécois sont grandement satisfaits des festivités entourant la Fête nationale
Le mandat de la Fête nationale occupe une partie importante des énergies du MNQ et de ses sociétés affiliées. Toutefois, le MNQ se doit de conserver son identité, et ne peut remettre en question sa mission fondamentale. Ainsi, il est impératif de concevoir la Fête nationale comme la plus grande activité de fierté nationale inhérente à la mission du MNQ. Il s’agit d’une occasion unique pour le MNQ et ses sociétés affiliées de se démarquer et de mettre de l’avant sa raison d’être, qui outrepasse grandement le mandat même de la Fête nationale. Pour gagner en efficacité, le MNQ et ses sociétés affiliées se doivent d’optimiser les ressources disponibles, et ainsi gagner en crédibilité et en efficacité.

Malheureusement, il est aujourd’hui impossible d’affirmer que les Sociétés membres du MNQ disposent de ressources égales. Il existe une disparité entre des sociétés plus dynamiques et proactives, et d’autres accusant certaines difficultés de toutes sortes. Avec ses ressources et son expertise, le MNQ doit transmettre sa vitalité à toutes ses sociétés membres. Pour ce faire, il est impératif d’activer davantage les instances du Mouvement et ainsi mieux les impliquer dans l’élaboration et la réalisation d’objectifs communs. Dans un effort de décentralisation, encourager le leadership des Sociétés membres sur leur territoire est essentiel, et se doit d’être accentué. Du même coup, la force du Mouvement provient de sa cohésion et sa capacité de parler d’une seule voix; la poursuite de la consolidation du MNQ et des Sociétés membres est aussi indispensable au futur de l’organisation.
